W średniowieczu wieś Kowale (niem. Kowall) była prawdopodobnie wsią służebną miasta Gdańska, zamieszkałą przez, jak nazwa wskazuje, rzemieślników - kowali, którzy na tym terenie mieli miano dobrych specjalistów. Ich rzemiosło oparte było o bardzo dawne tradycje i stało na wysokim poziomie. Do XIII wieku kowale pracowali głównie dla możnowładców i księcia. Pierwsze wzmianki o Kowalach pochodzą z 1398 r., przy dzierżawie młyna w Bielkowie Mikołajowi Ulrichowi, kiedy to dzierżawa obejmowała również prawo przemiału zboża z okolicznych wsi, w tym także Kowali - wsi krzyżackiej (określonej tak w tym czasie).

W 1454 roku wieś Kowale była często niszczona w wojnach i oblężeniach, należała wówczas do terytorium miasta Gdańska.

W 2 poł. XVI wieku Kowale należały do parafii w Gdańsku, dekanatu gdańskiego, powiatu - okręgu terytorium Gdańska.

Po 1772 roku Kowale zostają odłączone od miasta. Kowale są wsią typu placowego (wydłużony układ placowy nawiązujący do upowszechnianych w XIII wieku na ziemiach polskich, owalnic bądź też wsi z nawsiem) - układ ten czytelny jest do dziś. Kowale pod koniec XIX wieku, jak opisuje to Słownik Geograficzny Królestwa Polskiego, były wsią włościańską, leżącą na bitym trakcie kościersko - gdańskim, 1 milę od Gdańska. W tym czasie obszar wsi liczył 1840 morgów, zamieszkiwało tam 135 katolików, 152 ewangelików, 7 gburów i 1 zagrodnik. Wieś należała do parafii w św. Wojciechu, szkoły w Bąkowie, poczty w Gdańsku.

W 1912 roku wieś Kowale była własnością H. Penner'a, wieś należała wówczas do parafii ewangelickiej w Lublewie, zaś katolickiej w Gdańsku.