Kościół w Pręgowie wzmiankowany był już w 1323 roku, za panowania Zakonu Krzyżackiego i prawdopodobnie Zakon zbudował ten kościół. Początkowo parafia pręgowska była samodzielna, jednak już od 1396 roku (kiedy wieś wraz z kościołem zostały podarowane Zakonowi Brygidek w Gdańsku), był pod patronatem gdańskich Brygidek, które miały prawo ustanawiania proboszczów.
Kościół pod wezwaniem Bożego Ciała pochodzi prawdopodobnie z początku XIV wieku, cały zrąb kościoła zbudowany jest z nieociosanego kamienia, tylko szczyty i okolenia okien z cegły. Wieża zaś kościoła powstała około 1739 r., zbudowana jest z pruskiego muru, a jej szpiczasty szczyt jest pokryty cynkiem.
Kościół w 1593 roku był filią gdańskiego kościoła N.P. Marii. Od 1683 - 1818 roku związany był z parafią Kaplicy Królewskiej w Gdańsku, do której należał ponownie aż do 1859 roku. Tutejsza parafia należała do wiejskiego dekanatu gdańskiego, w 1867 roku liczyła 4139 dusz, w 1886 roku zaś 4962 dusz.
Do parafii należą pod koniec XIX wieku: Pręgowo Dolne i Górne, Ostróżki, Babidół, Nowiny, Popówka, Kolbudy Dolne i Górne, Podwidlino, Łapino wraz z Papiernią, Buschkrug, Wielino, Buszkowy Dolne i Górne, Bielkowo, Bielkówko, Ziegelscheune, Nicponie, Schlangenberg, Lisewo, Krymki, Warcz, Johannesthal, Malęcin, Domachowo, Fuchsberg, Kleszczewo, Pulvermuehle, Fichtenkrug, Czerniewo, Czerniewko, Zaskoczyno, Goszyno, Żuława, Żuławka, Lublewo i Bąkowo. Przy parafi istniały dwa kościoły filialne w Czapielsku i Gr. Saalau. Do kościoła filialnego w Czapielsku przyłączone były: Czapielsk Wielki i Mały, Marszewo, kol. Marszewo, Marszewska Góra, Ząbrcz Dolnyi Górny, Dolna i Górna Huta, Majdany, Kroenke, Nowydwór, Weismist, Pomlewskie Zarośla, Stęgwałd, Nowa Karczma. Oprócz tego do parafii pręgowskiej należała publiczna kaplica św. Krzysztofa w Żuławie. Przy kościele pręgowskim istniały dwa bractwa: Opatrzności Boskiej (od 1763 roku) i trzeźwości (od 1858 roku). Do majątku kościoła w Pręgowie zaliczano: gospodę, teren, na którym znajdował się młyn i dobra parafialne Popówka. Gospoda parafialna leżała obok kościoła (prawdopodobnie istniała jeszcze w 1923 r.). Młyn napędzany był dwoma trybami, spłonął w 1851 roku i został obudowany w 1853 r. Po budowie wodociągu w 1869 roku strumień, który napędzał młyn wysechł.
W 1869 roku magistrat zmuszony był odsprzedać parcelę młyńską kościołowi, który był jej wcześniejszym właścicielem. Dobra parafialne Popówka początkowo stanowił głównie las sosnowo - bukowo - dębowy, zaś ziemia uprawna stanowiła znacznie mniejszą część tego obszaru. W 1853 roku wycięto las i cały ten teren stał się ziemią uprawną. Do dóbr kościelnych należała również góra Schlossberg.
Znanymi księżmi w Pręgowie byli: w 1583 r. Mikołaj Koss proboszcz, wikariuszem był Ambroży Kaczkowski; w 1686 r. Jerzy Ridel dziekan i proboszcz gdański, jego wikariuszem był Franciszek Markiewicz; w 1710 r. kanonik włocławski i dziekan gdański Szczepan Janowicz; od 1818 r. do 1855 r. proboszczem był Stanisław Rosolkiewicz, który jednocześnie był proboszczem Kaplicy Królewskiej w Gdańsku; w 1848 roku lokalnym wikarym był Karol Kunert; w 1860 r. wikarym był August Folleher, od 1884 r. administratorem kościoła był Johann Szopieraj, a od 1884 do 1915 r. proboszczem był Johann Howald.
Od 1896 r. proboszczowi pomagało wielu wikarych, kolejno: Piechowski, Kupczyński, Bukowski, Jezierski, Świeczowski, Herbst, Hundinser i Laudmann.Od 1915 roku proboszczem parafii pręgowskiej był Brunon Lemke, który napisał "Kronikę Pręgowa, w dolinie Raduni" z okazji 600-lecia istnienia wsi i kościoła.
W 1922 roku przy kościele powstała misja, prowadzona przez trzech ojców franciszkanów z Olsztyna. Od 1922 do kościoła doprowadzono elektryczność.
Kościół dotknęły trzy nieszczęśliwe wypadki: w 1875 i 1909 roku uderzył w kościół piorun, nie wyrządził on jednak większych szkód. Zaś w 1923 roku w nocy z 10 na 11 lutego ukradziono z kościoła kielich mszalny, krucyfiks z głównego ołtarza i wieczną lampkę. W 1923 roku w parafii istniały następujące bractwa: Bractwo Najświętszego Sakramentu Ołtarza, Katolickie Stowarzyszenie Robotników, Stowarzyszenie Matek, Stowarzyszenie Młodzieży, Apostolat Dzieci i Stowarzyszenie Dzieciństwa Jezusowego. Kościół usytuowany jest w środku wsi, na niewielkim wzniesieniu, wśród drzew, otoczony murem z kamieni polnych, orientowany. Ściany kościoła zabudowane są z nieociosanych kamieni polnych, szczyty i obramienia otworów murowane są z cegły. Wieża kościoła powstała około 1739 roku. Górna kondygnacja wieży jest drewniana, szalowana deskami. Strop kościoła jest drewniany, płaski, belkowy, podbity drewnianymi listwami. Więźba dachowa drewniana (niedostępna), dach nawy głównej dwuspadowy, dach wieży trójpołaciowy, dach zakrystii dwuspadowy.
Pokrycie dachu: nawa główna - dachówką karpiówką, zakrystia i kruchta oraz wieża - kryte holenderką, hełm wieży zaś blachą ocynkowaną. Posadzka w nawie głównej kamienna, fragmentami murowana, w prezbiterium kamienno - ceglana, w pozostałych częściach kościoła kamienna.
Schody wewnętrzne na chór drewniane, zabiegowe z prostą drewnianą balustradą. Schody na wieżę typu drabiniastego. Otwory okienne w obramieniach uskokowych zamknięte ostrołukowo, podobnie wykonane blendy okienne. Otwór drzwiowy, portalu głównego w obramieniu ceglanym, zamknięty ostrołukowo, otwory drzwiowe wewnętrzne: do zakrystii zamknięte odcinkiem łuku, do kruchty bocznej ostrołukowy w uskokowym obramieniu.
Kościół jest salowy, trzyosiowy na planie wydłużonego prostokąta, z niewydzielonym prezbiterium, do którego od strony północnej przylega zakrystia. Na osi nawy głównej, od południa kruchta, od zachodu - wieża (w dolnej kondygnacji szerokości korpusu z kruchtą w przyziemiu).
Bryła kościoła zwarta, z zewnątrz korpus opięty szkarpami z jednym uskokiem, przy zachodnich narożach wieży (ustawionymi ukośnie). Bryła kościoła masywna, korpus przykryty dwuspadowym dachem, od południa niewielka kruchta z dwuspadowym dachem zamkniętym szczytem schodkowym. Od północy niska zakrystia ze schodkową ścianą szczytową. W elewacji zachodniej wieża o murowanej konstrukcji nieco wyższa od korpusu, na niej osadzona, znacznie węższa, kwadratowa, drewniana nadbudowa z około połowy XVIII wieku, zwieńczona hełmem kopulasto - iglicowym. Wnętrze kościoła jednoprzestrzenne, w zachodniej części chór drewniany powstały w XVIII wieku, wsparty na czterech słupach drewnianych wzmocnionych mieczami. W prezbiterium ostrołukowa wnęka, pozostałe ściany gładkie, tynkowane.
W kościele znajduje się ołtarz główny manierystyczny z około 1630 - 40 roku, uzupełniony w końcu XIX wieku. W jego polu głównym umieszczona jest "Ostania wieczerza", w zwieńczeniu "Cudowne rozmnożenie chleba", antepedium rokokowe z 3 ćwierci XVIII wieku. Ołtarze boczne barokowe z końca XVII wieku, w lewym ołtarzu figury gotyckie św. Doroty i św. Małgorzaty (z ok. 1400 roku), w prawym św. Wawrzyńca i nieokreślonej zakonnicy . W kościele znajdują się ponadto: ambona neogotycka z 1856 r., chrzcielnica drewniana barokowa z XVIII wieku, w kruchcie kropielnica granitowa z poł. XIV wieku z puklową czaszą; w prezbiterium ława rokokowa z 3 ćw. XVIII wieku, zdobioną płaskorzeźbą z Arką Noego.
Znajdują się tam również stalle o formach barokowych z przełomu XVIII/XIX w. z obrazami o prostokątnych płycinach w przedpiersiu o treści alegorycznej; na drzwiczkach umieszczono krajobrazy; dwa konfesjonały barokowe z 1 poł. XVIII wieku. W zakrystii przetrwała skromna barokowa szafka wisząca.
Z innych zabytkowych obiektów sakralnych przetrwały feretrony: pierwszy z 1 poł. VIII w. wraz z obrazami Trójcy Świętej i Cudownego rozmnożenia chleba oraz drugi z obrazami św. Tomasza z Akwinu z 1 ćw. XVII w. Oraz obraz św. Rocha z końca XVIII wieku. Przetrwały także krucyfiksy: barokowy z 1 poł. XVIII w. w tęczy oraz z XIX wieku w blendzie elewacji wschodniej. Nad wejściem do zakrystii znajduje się kartusz drewniany z herbem (strzemię pod kapeluszem biskupim z inicjałami: DGEVAM), z końca XVIII wieku.
Przetrwały także należące do kościoła: sześć lichtarzy barokowych, krzyż ołtarzowy barokowy z końca XVII wieku, relikwiarz w formie krzyża późnobarokowy z 2 poł. XVIII wieku, trzy ornaty barokowe i rokokowe.
Do zabytkowych obiektów przykościelnych, które przetrwały do dnia dzisiejszego należy zaliczyć plebanię zbudowaną w 1 poł. XIX wieku (wnętrze jej było przebudowywane w XX wieku, remontowane w 1959 r.), plebania frontem zwrócona jest na południowy - zachód, murowana z cegły na podmurówce z kamieni polnych, otynkowana. Plebania została zbudowana na planie prostokąta, jest parterowa z mieszkalnym poddaszem, podpiwniczona, z dobudówką od północnego - wschodu, dwutraktowa z sienią na osi. Elewacja frontowa plebani jest pięcioosiowa, dach zaś naczółkowy, kryty dachówką.
Przetrwała również figura przydrożna - murowany obeliskowy słup z kamienną, barokową rzeźbą św. Jana Nepomucena, z 1777 r. Dzwonnica kościelna jest współczesna o stalowej konstrukcji kratowej, lecz dwa dzwony są zabytkowe. Pierwszy z dzwonów - mały jest bez inskrypcji, zaś drugi - większy z inskrypcją na obwodzie, gotycką z 1519 roku.
Do zabytkowych obiektów należą również: ogrodzenie kościoła p.w. Bożego Ciała oraz cmentarza przykościelnego - murowane z XVIII wieku; cmentarz parafialny - układ alei z 4 ćw. XIX wieku; nagrobek na cmentarzu przykościelnym z 1881 roku; cmentarz poewangelicki - ogrodzenie murowane z XVIII i 2 poł. XIX wieku; dwa budynki gospodarcze plebani z lat 10/20-tych XX wieku.