Pierwsze wzmianki o wsi Bielkowo (niem. Groß Bölkau) pochodzą z 1323 r. W 1395 r. Wielki Mistrz Krzyżacki Konrad von Jungingen nadaje klasztorowi Kartuzów wieś Bielkowo wraz z młynem i przysiółkiem zwanym Kolbudami (razem 45 włók), zwalniając ją równocześnie od wszelkich ciężarów i służebności.
W 1409 r. Kartuzi uznają przywilej dla wsi na prawie chełminiskim. Sołtys otrzymał 4 włóki wolne, a inni gospodarze mieli uiszczać oprócz zwykłej gotówki i szarwarku, wyjątkowo także owies czynszowy (czyli "czinshaber"), a dalej z każdej osadzonej włóki miało się płacić po jednym wiardunku biskupowi i po pół dziesięciny proboszczowi. Przy tej sposobności obniżono sołtysowi opłatę roczną (pobieraną w zamian za wykonywane dawniej rejsy na Litwę), z dwu grzywien na 3/4 grzywny.
W XVI wieku podupadający konwent nie ma już siły, by bronić Bielkowa przeciw ówczesnym uzurpatorom. Toteż w 1544 r. daje on zezwolenie, sołtysowi Michałowi, na sprzedaż połowy sołectwa, a w roku 1572 już nie konwent, lecz kasztelan gdański Jan Kostka, daje gospodarzowi tej wsi - Marcinowi Schroderowi, zezwolenie na sprzedaż, swej posesji, szwagrowi Rytygierowi Hoherowi, za 250 marek pruskich. W tym czasie, w roku 1579 wieś dzierży bezprawnie Stanisław Kostka - podkomorzy chełmiński. Rozstrzyga on w 1579 r. spór między sołtysem bielkowskim, a jego krewnymi i rozpatruje tamtejsze sprawy spadkowe Jana Polaszka.
W 1583 r. wizytator biskupi dziwi się, że wieś ta była dawniej własnością Kartuzów, obecnie zaś, nie wiedzieć jakim prawem, trzyma ją we władaniu Kostka. A było się o co ubiegać, gdyż Bielkowo było jedną z najbogatszych wsi w okolicy.
W 1588 r., prawdopodobnie po śmierci Stanisława Kostki, król zamierzał podarować wieś dominikanom gdańskim, jednak Kartuzi, objąwszy w 1589 r. klasztor, ponownie upomnieli się o swoją własność.
W następnych latach biskup Rozrażewski, wyjednał Bielkowo od Kartuzów i osadził tam Jezuitów w 1592 r. Jednak już po trzech latach w 1595 r., zwrócił je prawowitym właścicielom. Zarówno granica północna jak i wschodnia Bielkowa, nie wzbudzały nigdy żadnych wątpliwości, zachodnia zaś granica, stykająca się z Majątkiem Czapielskim, ustalona została na nowo w 1401 r. Podobnie też granica północno - zachodnia pomiędzy Kolbudami a Łapinem, należącym do szpitala gdańskiego, ustalona została w 1429 r. Natomiast granica południowa, koło młyna, była przedmiotem sporu między dziedzicem sąsiedzkiego Bielkówka Jerzym Klińskim, a konwentem kartuskim. Spór ten toczył się od 1594 do 1607, gdy został rozstrzygnięty po przewlekłych sporach i procesach, na korzyść klasztoru przed tczewskim sądem ziemskim.
Młyn bielkowski, zbożowy istniał nad Radunią już w 1390 r. i dostał się razem z całą wsią, pięć lat później, Kartuzom, którzy wydzierżawili go w 1398 r., wieczyście na prawie chełmińskim, Mikołajowi Ulrichowi z 5,5 morgami ziemi i ze zwykłymi uprawnieniami wodnymi i pastwiskowymi oraz z prawem przemiału zboża dla mieszkańców Bielkowa i okolicznych wsi: Żuławy, Kowali i Lublewa. Powtórna umowa o wydzierżawieniu młyna nastąpiła w 1434 r. na rzecz Mikołaja Reymera.
W 1518 r., zalegający z czynszem młynarz Błażko, odstąpił za zgodą klasztoru dzierżawę zaniedbanego młyna gdańszczaninowi Teodorykowi Falke, którego w 1519 r. klasztor upoważnił do wybudowania, obok zbożowego młyna, jednej, a nawet kilku kuźni, podnosząc jednocześnie czynsz roczny do 10 grzywien i zaokrąglając areał młyński do 9 morgów. Jednak obawiając się alienacji ziem dzierżawionych przez Falków, Kartuzi wytoczyli skargę o zwrot przywileju. W 1608 r. doszło pomiędzy stronami do umowy kompromisowej. Zmieniono dzierżawę dziedziczną na terminową na 50 lat i podniesiono czynsz do 50 zł. Innymi słowy, młyn wracał w pełne i faktyczne administrowanie klasztoru. W 1670 r. czynsz z młyna wynosił 1 łaszt żyta. W latach 1735 - 1736, po zniszczeniu wojennym, młyn gruntowanie odbudowano. Na skutek zwrócenia klasztorowi aktu dzierżawnego zawartego ze wspomnianym Teodorykiem Falke, w 1519 r. wróciły też do klasztoru niewielkie grunta z podniszczonym dworem, zwane "Rotenthal", leżące na samą Radunią obok młyna i mostu.
W 1611 r. dobra te, wydzierżawił konwent Dorocie Rhode, wdowie po Jerzym Rhode - jednym ze spadkobierców Teodoryka Falke, na 50 lat. Kontrakt był pisemną legalizacją istniejącego stanu rzeczy, gdyż wiadomo, że Dorota już w 1608 r. wydzierżawiła "Rotenthal" Henrykowi Rhode na 7 lat. Henryk wybudował na tym terenie browar i papiernię, lecz z braku pieniędzy nie zdołał ich uruchomić.
Chrystian Derwantz, gdański karczmarz, bezprawnie zajął nieruchomość Henryka Rhode i puścił w ruch papiernię. Jaki obrót wzięły skargi wniesione w roku 1619 przez opiekunów Doroty do magistratu gdańskiego i do nuncjatury, przeciwko Derwantzowi i popierającemu go przeorowi - nie wiadomo. W każdym razie papiernia przeszła na własność klasztoru, który w roku 1634 wydzierżawił ją Jerzemu Mauerowi na 17 lat, za czynsz roczny 200 zł., a około 1670 r. otrzymał za nią, oprócz gotówki, jedną ryzę papieru. Warto więc było Kartuzom w 1689 r., podupadającą papiernię, odbudować na nowo.
Młyn zbożowy zaś wykupiono z rąk emfitentów (spadkobierców Falkego) w 1643 r. 0koło 1670 r. młyn przynosił 1 łaszt żyta. W 1636 r. Kartuzi urządzili folwark w Bielkowie z trzech włości zniszczonych podczas I wojny szwedzkiej (Bielkowo zostało spalone 1626 r.), zaopatrując go w potrzebne budynki gospodarcze i browar.
W 1645 r. prace na folwarku i w browarze pełniło 6 włościan i 6 zagrodników miejscowych. W 1662 r. żywy inwentarz składał się z 15 koni, 26 wołów, 2 stadników, 12 krów, 4 jałówek i 9 cieląt. W 1734 r. Bielkowo zostało kilkakrotnie splądrowane przez Rosjan.
W 1737 r. wzmiankowany browar bielkowski sprzedaje 500 beczek piwa wojskom rosyjskim, zasilając kasę klasztorną. W 1747 r. rozmierzono i wyznaczono urzędowe granice Bielkowa. W 1772 r. komisarze pruscy przejęli klasztor Kartuzów, który stracił swoje dobra na rzecz rządu pruskiego. Jednak dopiero w 1793 r. przy zajęciu Gdańska, Bielkowo zostało zagarnięte przez Prusy i włączone do terytorium Wolnego Miasta Gdańska.
W 1783 r. trwają przetargi o prawo własności do majątku Bielkowo, pomiędzy Adamem Boelke, Kozłowskim, Pottel i Ostrowskim. Na mapie Prus Schoetter'a z 1798 - 1802, znajdujemy zaznaczony majątek Bielkowo z układem zabudowań zbliżonym do dzisiejszego z wyjątkiem parku. Na zachód od majątku, figurują zabudowania wsi, zajmujące znacznie większy obszar niż obecnie.
W 1881 roku właścicielem majątku Bielkowo (Groß Bölkau) z folwarkiem Kunzendorf został major Ferdinad Kunze. Majątek liczył 485 ha powierzchni i dawał 6290 marek dochodu. W skład majątku wchodziła cegielnia, torfownia oraz "oddzielnie traktowany folwarczek". Prawdopodobnie już wtedy istniał budynek dworu.
W 1899 r. według statystyk na terenie wsi Bielkowo wraz z przyległościami: Kolbudy Dolne, Kunzendorf i papiernia, zamieszkiwało Kaszubów katolików - 206, Niemców katolików - 39, Niemców ewangelików - 245 i 3 Żydów czyli razem 493 osoby.
W 1903 r. właścicielem majątku Groß Bölkau z folwarkiem Kunzendorf, jest Landschaftsrat Friedrich Braunschweig. Majątek liczył wówczas 574 ha powierzchni i dawał dochód - 628 marek rocznie. Posiadał cegielnię i torfownię, prowadził chów i sprzedaż bydła oraz sprzedaż mleka. Inwentarz liczył: 190 koni, 154 sztuk bydła - w tym 68 krów, 635 owiec i 103 świnie.
Mapa topograficzna Prus z XIX wieku, pokazuje zabudowania majątku w układzie zbliżonym do dzisiejszego; zaznaczony jest również park w północnej części majątku. Zaś zabudowania wsi, po zachodniej stronie majątku, zajmują znacznie mniejszy obszar niż na mapie Schroeter'a z XVIII/XIX w. W latach 30-tych XX wieku majątek należał do rodziny Schichau.
Właściciel majątku z lat wojny i okupacji nie jest znany - prawdopodobnie zginął, bądź uciekł wraz z cofającymi się wojskami niemieckimi. Od 1945 r. właścicielami majątku zostają kolejno: Zarząd Portu Gdańsk, Zakład Energetyczny i Kombinat PGR Rusocin.
Majątek, jako Ferma Bielkowo rozwijała, hodowlę świń, bydła i uprawę zbóż. W 1987 r. Fermę zlikwidowano, ze względu na zagrożenie ujęcia wody pitnej, w niedalekim Straszynie. Od tego czasu opustoszałe obiekty praktycznie niezabezpieczone niszczeją.
Najbardziej cenne budynki to: magazyn + obora - k. XIX w., kuźnia - poł. XIX w., dwór (ruina) - pocz. XIX w. Budynek dworu (ruina) po przekazaniu do dyspozycji Naczelnika Gminy, został sprzedany Annie Brzozowskiej z Sopotu wraz z przyległym parkiem.