Pierwsze materiały historyczne dotyczące wsi Bąkowo (niem. Bankau), do których udało się dotrzeć, pochodzą z XV w. Jest to list datowany w Gdańsku, po 21.VIII.1488 r., który był odpowiedzią na pismo Wulkowskiego do rady gdańskiej z dnia 21.VIII.1488 r., proszącego o wypłatę stacyjnego i glejt dla "pana" z Bąkowa, który boi się przybyć do Gdańska. W liście tym Gdańszczanie odpowiadają Mikołajowi Wulkowskiemu, wojewodzie pomorskiemu, że są zobowiązani tylko do utrzymywania króla w swoim mieście (a nie płacenia mu równowartości - stacyjnego), a prawo wydawania glejtów w ich mieście posiada tylko burgrabia.
Dokument ten znajduje się w Państwowym Archiwum w Gdańsku, ul. Wały Piastowskie 5 pod sygnaturą Arch. Gd., 300 D, 57, nr 122.
Wieś Bąkowo, w latach 1343 - 1347 była prawdopodobnie, własnością bogatych kupców gdańskich - braci Czarnów. W 2 poł. XVI wieku tereny wsi były własnością szlachty autochtonicznej. Właścicielką była D. Jackowska herbu Ryś (szlachta pochodzenia pomorskiego). Wieś liczyła 25,3 łana, w tym 17,5 łana folwark. Szlachta ta, wywodząca się z Bąkowa, pojawia się na liście dłużników klasztoru kartuskiego z 1510 roku.
W 2 poł. XVIII wieku właścicielem wsi był prawdopodobnie Fryderyk von Conradi, który po utworzeniu wyższej szkoły w Jankowie - "Conradinum", zapisał na rzecz szkoły cały swój majątek wraz z dobrami ziemskimi a więc i wieś Bąkowo, która w tym okresie była bogatą wioską. W 1899 r., według statystyk, Bąkowo wraz z przyległością Gołąbkowo, zamieszkiwało 209 osób, w tym Kaszubów katolików 105; Niemców katolików 11 Niemców ewangelików 93.
1903 i 1912 r., jako właściciela wsi Bąkowo, ciągle podaje się fundację von Conradiego. W 1912 r. dodatkowo wymieniony jest folwark Golmkau (Gołąbkowo) należący do Bąkowa oraz gorzelnia. Obecnie zabudowania dawnego założenia dworsko - folwarcznego należą do Spółki P.&P.